L'HBP est liée à l'hypertrophie progressive des structures glandulaires constituant la prostate, particulièrement dans la partie entourant l'urètre.
Dans un premier temps, l'hypertrophie est d'abord microscopique puis elle s'accentue et devient macroscopique (l'augmentation de volume de la prostate est alors détectable par échographie). Dans un troisième temps, cette hypertrophie entraîne des troubles urinaires (elle est alors "symptomatique").
Néanmoins, il n'existe pas de relation directe entre le volume de la prostate et l'intensité des troubles ressentis par le patient. Autrement dit, une prostate peut être très volumineuse et ne pas entraîner de troubles urinaires importants et vice et versa.