La présence d'un résidu après la miction favorise la prolifération microbienne. Il s'ensuit une inflammation vésicale mais aussi prostatique (prostatite) qui peut augmenter la difficulté à uriner, allant parfois jusqu'à l'impossibilité totale d'uriner (rétention aigüe).
D'autre part, l'infection peut se propager en particulier vers les testicules (orchiépididymite).

Du fait du résidu après miction, certains constituants de l'urine stagnent et forment des calculs.
Ces calculs peuvent être source :
- d'irritation vésicale (responsable de saignement : hématurie),
- d'infection urinaire
- parfois de blocage complet de l'urine, responsable de rétention aiguë.

Dans des formes très obstructives et/ou évoluées d'HBP, des fuites urinaires par "débordement" de la vessie peuvent donner l'impression d'une incontinence.

A un stade tardif de l'évolution de la maladie, souvent négligée par le patient à cause de la mauvaise évacuation des urines et d'éventuelles infections répétées (plus ou moins ressenties par le patient), le rein peut s'abîmer et évoluer vers une insuffisance rénale.